污水處理合理運行成本的制定，必須結合污水處理廠近年的實際運行成本，參照地方政府制定的相關污水處理成本考核標準，另外制定合理的污水處理成本必須考慮污水處理廠水質、水量及相關單價變化幅度等對污水處理成本的影響，建立調整機制進行適當調整。
污水處理廠污水處理成本主要為能源消耗成本、藥劑消耗成本、大修成本、維護成本、污泥處置成本、出水消毒成本、人員成本、管理成本及其它成本(本文僅討論污水處理成本的相關直接成本，不包括固定資產折舊、推銷、財務融資成本等)。如何根據具體情況建立合理的污水處理成本，及進行成本的有效控制，使各種消耗最低，處理成本實現最小化，不僅有利于污水處理行業的健康持續發展，更是城市污水處理行業面臨的迫切需求。筆者結合工作實際經驗，參考相關資料，對污水處理廠的成本組成進行初步探討。
1、電費成本：污水處理企業耗能最多的設備包括各種類型的水泵、供氧設備如鼓風機以及污泥濃縮脫水設備等、進行污水處理單耗計算，一方面可根據設備使用臺數及功率進行分析，另一方面結合本企業往年污水處理單耗統計分析，同時參照地方相關標準，制定適合本企業的合理的污水處理單耗。如江蘇省城鎮污水處理廠運行管理考核標準中對污水處理單耗有明確考核要求，對一級A標準污水處理單耗考核分為四個級別，≤0.34度/立方米, 0.34度/立方米-0.37度/立方米, 0.37度/立方米-0.42度/立方米以及≥0.42度/立方米，一級B標準按一級A標準單耗的70%進行考核，低于一級B標準的按一級A標準單耗的50%進行考核。因此二級污水處理企業正常電耗指標在：0.17~0.42千瓦時/立方污水此范圍內，據目前電價0.852元/千瓦時(以南京為例),那么可計算電源消耗成本為：0.145~0.358元/立方污水。
2、藥劑成本：污水處理廠的藥劑大部分為污泥脫水機使用的聚丙烯酰胺的或污泥板框壓濾機脫水用的三氯化鐵及氧化鈣。據統計，污水處理企業污泥產量為每處理10000噸污水產生1噸~1.2噸干污泥。不同的污泥處理設備藥劑成本如下：
1)污泥脫水機使用藥劑為陽離子聚丙烯酰胺，每噸干污泥中含聚丙烯酰胺0.6%，價格為25000~35000元/噸，按30000元/噸計算，則絮凝劑的投加成本為0.018~0.0216元/立方污水;
2)板框壓濾機使用的三氯化鐵投用量按絕干泥的10%投加，單價按市場價750元/噸計算(三氯化鐵含量為40%)，則三氯化鐵的投加成本為0.0075~0.009元/立方污水。板框壓濾機使用的氧化鈣投用量按絕干泥的30%，氧化鈣單價為450元/噸(純度70～80%，粒狀規格為90～100目)。則氧化鈣的投加成本為0.0135~0.0162元/立方污水。因此板框壓濾機污泥脫水使用藥劑成本為0.021~0.0252元/立方污水
3、設施設備大修成本：主要指用于污水處理廠設施設備等固定資產大修理的專用基金。根據已建，在建污水處理廠的每噸水造價投資一般為1500-2000元 ，按常規的固定資產形成率85%計算，結合以往實際大修使用費并參照相關資料，每年大修成本按固定資產的1.7%~2.0%提取，則污水處理企業的固定資產修理成本為0.0594~0.0931元/立方污水。
4、設施設備維護成本：主要用于固定資產的備品備件、低值易耗和固定資產的經常維護修理費，包括如自控系統的維護、計量儀器強檢、電器設備預防性試驗以及一些日常維修所用的材料費等。根據已建，在建污水處理廠的每噸水造價投資一般為1500-2000元 ，按常規的固定資產形成率85%計算，結合以往實際大修使用費并參照相關資料，每年設施設備維護成本按固定資產的0.5%~1.0%提取，則污水處理企業的維護成本為0.0174~0.0466元/立方污水。
5、消毒成本：指用于污水處理廠處理出水消毒，目前有多種消毒方式，如紫外燈管殺菌消毒，單過硫酸氫鉀消毒粉消毒等，本文以單過硫酸氫鉀消毒劑為例介紹，根據單過硫酸氫鉀消毒劑的使用方法，每噸污水需添加0.4—0.5克的消毒粉方能滿足工藝的要求，消毒粉每噸的價格約為11.5萬元，則消毒成本為0.046~0.0575元/立方污水。
6、污泥處置成本：目前，全國污泥處置方法主要有填埋、堆肥、干化、焚燒、制作建材等多種方式，污泥處置方式不同成本差異較大，據有關資料統計污泥處置成本約在300-1000元/噸，根據污水處理企業污泥產量為每處理10000噸污水產生1噸~1.2噸干污泥，污泥處置成本為0.03-0.12元/立方污水。
7、人員工資福利成本：根據江蘇省城鎮污水處理廠運行管理考核標準，二級處理的城市污水處理企業的勞動定員指標一般在2.5~30人/(萬m3/d)計，不同的規模指標有差異，規模越大，指標越小，規模越小，指標越大。人員工資根據地方的職工平均工資，如南京統計局公布的2011年職工平均工資水平為54713元/年/人，則可計算人員工資成本為0.037~0.449元/立方污水。